明神宗长子朱常洛的生母王氏原本是一普通宫女，在慈宁宫侍奉慈圣太后（明神宗生母）。有一天，明神宗来到慈宁宫向母亲请安，刚好太后不在，神宗正要离开时，发现了清秀可人的王氏，于是私下临幸。按照宫中规矩，皇帝临幸宫女，应该赐一物件给对方，作为临幸的凭证。但明神宗认为王氏是母亲宫中的宫女，私下临幸是一件不光彩的事情，所以没有给王氏任何信物，自顾自地去了。谁知道这片刻风流后，王氏竟然怀上了龙种。慈安太后本人也是宫女出身，知道此事后不但没有为难王氏，还十分高兴地召来明神宗询问究竟。但出人意料的是，明神宗竟然矢口否认曾经私幸过王氏。只是这否认没有什么效果，皇帝的日常起居包括性生活都有专人记录，明神宗临幸王氏的事早就被记录在《内起居注》中。实在无可抵赖了，明神宗才红着脸默认了。

    明神宗对王宫女的临幸只是一时兴起，并不当真，新鲜劲儿一过，便不想负责任，因此他对王氏都没有什么感情。慈安太后却是一位贤后，让儿子立王氏为恭妃，并且告诉儿子说：“我已经年纪大了，但还没有尝过抱孙子的滋味，如果王恭妃生个男孩，这是宗社的福气，母以子贵，可不能计较原先的贵贱啊！”

    十月怀胎后，王氏生下了明神宗的第一个儿子朱常洛。王宫人虽然被立为恭妃，但皇长子朱常洛一直没有被立为太子。

    万历十四年正月，宠冠后宫的郑妃生下一子，取名朱常洵。郑妃聪明机灵，明神宗与她情深意笃，一直保持终生。由于皇帝对郑妃言听计从，在很长的一段时间内，她一直是一个朝野注目的人物，并招致了几乎所有人的唾骂。

    因为郑妃是皇帝的心尖，生了儿子后，明神宗立即晋封郑妃为贵妃。大学士申时行等，认为皇长子朱常洛年已五岁，生母恭妃一直未闻加封，但郑妃甫生皇子，即晋封册，显见得是郑妃专宠。大学士们担心将来定有废长立幼的事情，于是上疏请册立东宫，有“祖宗朝立皇太子，英宗以二岁，孝宗以六岁，武宗以一岁，成宪具在”之语。但明神宗在郑贵妃的怂恿下，总想借机立朱常洵为太子，于是就想出了种种办法拖延，但遭到大臣们的极力反对。当时太子又叫国本，因此，皇帝与大臣间的这次斗争又称为“国本之争”。大臣力争，要立朱常洛为太子，明神宗一拖再拖，大臣再争，争了十五年，使得宫廷斗争变得错综复杂。

    第一次“妖书案”便是在这期间发生的。

    万历十八年（1590年），著名大儒吕坤担任山西按察使，在职期间，他采辑了历史上贤妇烈女的事迹，著成《闺范图说》一书。宦官陈矩（后来执掌东厂，参与审理第二次“妖书案”）出宫时看到了这本书，买了一本带回宫中。郑贵妃看到之后，想借此书来抬高自己的地位，于是命人增补了十二人，以汉明德皇后开篇，郑贵妃本人终篇，并亲自加作了一篇序文。之后，郑贵妃指使伯父郑承恩及兄弟郑国泰重新刊刻了新版的《闺范图说》。

    实际上，尽管第二版的《闺范图说》与第一版有许多相同之处，但出书人的初衷却有本质的区别，但逐渐有人开始将两版书混为一谈。

    万历二十六年（1598年）五月，担任刑部侍郎的吕坤上《天下安危疏》（《忧危疏》），请明神宗节省费用，停止横征暴敛，以安定天下。吏科给事中戴士衡借此事大作文章，上疏弹劾吕坤，说他先写了一本《闺范图说》，然后又上《安危疏》，是“机深志险，包藏祸心”，“潜进《闺范图说》，结纳宫闱”，逢迎郑贵妃。吕坤平白无故地蒙受了不白之冤，立即上疏为自己辩护，说：“先是，万历十八年臣为按察使时，刻《闺范》四册，明女教也。后来翻刻渐多，流布渐广，臣安敢逆知其传之所必至哉？伏乞皇上洞察缘因《闺范图说》之刻果否由臣假托，仍乞敕下九卿科道将臣所刻《闺范》与（郑）承恩所刻《闺范图说》一一检查，有无包藏祸心？”

    吕坤确实比较冤枉，他原来的书被人改头换面，本来就与他无关，而还说他自己偷偷送进宫里，企图“结纳宫闱”，更是莫名其妙的罪名。因为整个事情牵涉到郑贵妃，明神宗装聋作哑，没有理睬。

    不料平地再起风云，一个自称“燕山朱东吉”的人专门为《闺范图说》写了一篇跋文，名字叫《忧危竑议》，以传单的形式在京师广为流传。“朱东吉”的意思是朱家天子的东宫太子一定太吉。“忧危竑议”四字的意思是：在吕坤所上的《忧危疏》的基础上竑大其说，因为《忧危疏》中没有提到立太子的问题。文中采用问答体形式，专门议论历代嫡庶废立事件，影射“国本”问题，大概意思是说，《闺范图说》中首载汉明德马后，马后由贵人进中宫，吕坤此意其实是想讨好郑贵妃，而郑贵妃重刊此书，实质上是为自己的儿子夺取太子位埋下的伏笔。又说：吕坤疏言天下忧危，无事不言，惟独不及立皇太子事，用意不言自明。又称吕坤与外戚郑承恩、户部侍郎张养蒙，山西巡抚魏允贞等九人结党，依附郑贵妃。

    此文（即所谓的“妖书”）一出，立即引起